As faturas que não entrem no sistema e-factura deixam de ser pagas pela ADSE. A medida está prevista na proposta do Orçamento do Estado para 2020 e admite ainda a anulação do financiamento, se a fatura for anulada ou emitida uma nota de crédito.

Mas há mais situações que implicam a perda de pagamento, no subsistema de saúde da função pública: as faturas com mais de uma consulta, o fracionamento de atos ou cuidados de saúde ou quando os cuidados de saúde e serviços prestados não são descritos de forma clara.

A ADSE fica ainda obrigada a financiar apenas despesas comprovadas com os originais da fatura, com o número de identificação fiscal do beneficiário pré-impresso.